天然水中有机物的来源主要有下列几个方面。
1、工业废水的排放
处理或未处理的工业废水往往含有大量有机物，其中既有简单的合成有机物，又有复杂的有机物（各种高聚物和天然有机物）。目前全世界合成的有机物约200万种，从某种角度来讲，最终都会通过各种途径进入自然界，包括天然水中。
      不同工业排放的有机物种类不同，而且数量也相差很大，比如造纸工业排出大量的含有木质素的废水 ，化工厂、农药厂排出大量合成有机物，食品加工厂则排放含有淀粉、蛋白、脂肪等有机物等等。这些工业排放的有机物，首先污染地表水，进而可能污染地下水。
2、生活污水
      这些水含有大量营养物质，如脂肪、淀粉、蛋白质等，它们排入天然水体后，会促进微生物的滋生和繁殖。
3、生物降解产物
      排入天然水体中的工业废水和生活污水，以及水体中的动植物残骸会被水中生物降解，降解产物为不能再被生物作用的腐殖质类化合物以及二氧化碳、水、甲烷等等。
4、土壤中腐殖质的溶解
      农田、土壤、河流湖泊底部沉积物、沼泽地等受雨水或其他水的冲刷，会使其中有机物质溶解出来，进入天然水体，这些有机物大部分是腐殖质。
5、工业过程带入的有机物
     除上述天然水中原有的有机物带入外，还有工业过程本身带入水中的有机物，如各种油脂、添加的有机药剂、有机材料设备通道的溶解物、工业设备内滋生的微生物及代谢产物等。